Woran liegt es, dass ein LaTeX-Lauf aus LyX heraus derart lange dauert?

Keine Ahnung. Es geht jedenfalls auch schneller. Ein Workaround: man exportiere als .tex-Datei und rufe dann in einem xterm auf »latex .tex«. Wenn eine dvi-Datei vorhanden ist, wird der darin enthaltene und gegenüber der tex-Datei unveränderte Inhalt nicht mehr neuberechnet (wie jedesmal mit LyX, das die dvi-Datei in einem temporären Verzeichnis berechnet), ein Durchlauf ist also mehrere hundert mal schneller, nur ein paar Sekunden lang. Ggf. rufe man diesen Befehl nochmals auf, wenn das nötig ist, um Crossreferenzen zu erzeugen.