Wie kann ich erreichen, dass mehrere Benutzer dieselben Netscape- und Konqueror-Bookmarks haben und bearbeiten, z.B. root und der Benutzer, unter dem ich normalerweise arbeite?

Einfach bei allen Benutzern, die die Datei ~/.netscape/bookmarks.html mitverwenden sollen, diese in ihrem Homeverzeichnis durch einen symbolischen Link auf die entsprechende Datei ersetzen, z.B.:

rm /home/root/.netscape/bookmarks.html;
ln -s /home/matthias/.netscape/bookmarks.html /home/root/.netscape/bookmarks.html;

Dann noch bei dem Benutzer, der seine Bookmarks für andere zur Verfügung stellt, die Zugriffsrechte anpassen:

chmod a+r+w /home/matthias/.netscape/bookmarks.html;

Vorsicht: Verwendet man im Lesezeicheneditor von Konqueror die Option »Als Netscape-Lesezeichen exportieren«, so wird die bisherige Datei ~/.netscape/bookmarks.html umbenannt in bookmarks.html.beforekde und durch eine von Konqueror erzeugte Datei ersetzt. Sie ist dann kein symbolischer Link mehr, wodurch die NetscapeLesezeichen der beiden Benutzer wieder unabhängig voneinander werden. Deshalb sollte man nur bei Benutzern, bei denen bookmarks.html kein symbolischer Link ist, diese Funktion verwenden.
Für Konqueror:

rm /home/root/.kde2/share/apps/konqueror/bookmarks.xml
ln -s /home/matthias/.kde2/share/apps/konqueror/bookmarks.xml
chmod a+r+w /home/matthias/.kde2/share/apps/konqueror/bookmarks.xml